Уже епископ Бертольд пришёл к убеждению, что одних проповедей для успеха колонизации недостаточно. Альберт сразу же, начиная с 1199 г., добивается того, что папа и император приравнивают поход в Ливонию к крестовому походу в Палестину: крестоносцам обеспечивается охрана имущества и даётся прощение грехов за год службы в епископских войсках в Прибалтике. Тотчас же Альберт и начинает набор военной силы для «обращения» Ливонии.
Западноевропейские щиты с фамильными гербами XIII в. (Швейцарский нац. музей, Цюрих; Музей университета в Марбурге, Германия)
Сразу после высадки на Двине Альберт встретил вооружённое сопротивление, но всё же ему удалось закрепиться в землях ливов. Раз в два года Альберт отправляется в Германию за пополнениями.
В 1201 г. Альберт основан крепость Ригу, которая впоследствии стала важнейшим городом Ливонии, центром епископства и базой для дальнейших походов. Через два года был основан орден Меченосцев – организация, объединившая немецких, по большей части вестфальских и саксонских, рыцарей. Годы епископского служения Альберта хорошо известны, благодаря хроники одного священника, Генриха Латвийского (Ливонского). Война в Ливонии и Эстонии длилась около 20 лет и закончилась разделением власти между меченосцами и Данией. Управляемая своими правителями-язычниками, Литва удержалась, и позже, когда литовцы разбили Орден, его остатки присоединились к Тевтонскому ордену, вернувшемуся со Святой земли. У тевтонцев были более амбициозные планы, нежели у меченосцев. В 1215 г. на Латеранском соборе папа Римский Иннокентий III объявил Ливонию и Прибалтику (вместе с Палестиной) «землёй Марии», целью миссионерской деятельности. Имя Ливонии, закрепилось за этой территорией на долгое время, названия Латвия и Эстония появились гораздо позже.
Одной из причин столь жёсткого конфликта между немецкими завоевателями Ливонии и Русью было то, что Русь, прежде всего Новгород и Псков, также стремилась усилить своё влияние на Прибалтику. Русские княжества давно уже собирали дань с балтийских племён и финнов, но защитить своих вассалов от католической агрессии не смогли. Полоцкое княжество, о котором известно крайне мало (Полоцкая летопись утрачена), в этот период ослабело и вскоре утратило свои земли по Западной Двине, назовём только Герицке и Кукенойс. Некоторые эстонские племена решили воевать вместе с русскими против немцев, другие – ливонцы и латыши – решили связать свою судьбу с немцами.